Dnes,9.4.2013, sa uvádza do prevádzky druhá generácia Schengenského informačného systému (SIS II), ktorý má zvýšiť bezpečnosť a uľahčiť voľný pohyb v schengenskom priestore. SIS II umožňuje ľahkú výmenu informácií medzi orgánmi hraničnej kontroly jednotlivých štátov, colnými a policajnými orgánmi o osobách, ktoré sa mohli dopustiť závažnej trestnej činnosti. Obsahuje aj záznamy o chýbajúcich osobách, predovšetkým o deťoch, ako aj informácie o určitých typoch majetku, ako sú bankovky, osobné a nákladné automobily, strelné zbrane a doklady totožnosti, ktoré mohli byť odcudzené, spreneverené alebo stratené.

Cecilia Malmströmová, komisárka EÚ pre vnútorné záležitosti, uviedla: „S potešením oznamujem, že SIS II práve začína fungovať. Spolu s kolegami z Rady a Parlamentu sme doviedli vývojovú fázu tohto projektu k úspešnému koncu. Zdedila som ťažkú úlohu. Znovu oživiť tento projekt nebolo ľahké, ale vďaka nášmu pevnému odhodlaniu sme dokázali prekonať najväčšie problémy. Teraz sa môžeme pohnúť k realizačnej fáze, nad ktorou bude dohliadať nová agentúra, eu-LISA.“

Krum Garkov, výkonný riaditeľ Európskej agentúry na prevádzkové riadenie rozsiahlych informačných systémov v oblasti slobody, bezpečnosti a spravodlivosti (eu-LISA) uviedol: „Sme pripravení prevziať prevádzkové riadenie SIS II. Úzko spolupracujeme s Komisiou a členskými štátmi na tom, aby sme zaistili hladký prechod na riadenie tohto systému, poskytovali členským štátom nepretržitú službu a aby sme prispievali k úsiliu o väčšiu bezpečnosť v Európe.“

Keďže sa kontroly na vnútorných hraniciach zrušili, SIS II bude aj naďalej zohrávať kľúčovú úlohu v uľahčovaní voľného pohybu osôb v rámci schengenského priestoru. SIS II je druhou generáciou Schengenského informačného systému, ktorý je v prevádzke od roku 1995 a má vylepšené funkcie, ako napríklad možnosť zadávať biometrické údaje (odtlačky prstov a fotografie), nové druhy záznamov (odcudzené lietadlá, lode, kontajnery, platobné prostriedky) alebo možnosť prepojiť rôzne záznamy (napr. záznam o osobe a vozidle). SIS II bude obsahovať aj kópie európskych zatýkacích rozkazov pripojených priamo k záznamom o osobách hľadaných v súvislosti so zatknutím, odovzdaním alebo vydaním, vďaka čomu budú môcť príslušné orgány ľahšie a rýchlejšie zaistiť potrebné nasledujúce kroky.
 
SIS II zaisťuje silnú ochranu údajov. Prístup k SIS II je obmedzený, majú ho len orgány hraničnej kontroly jednotlivých štátov, policajné, colné, súdne a vízové orgány a orgány zodpovedné za registráciu vozidiel. Každý má právo na prístup k údajom, ktoré sa ho týkajú a sú uvedené v SIS II a každý môže takisto požiadať príslušný vnútroštátny orgán o opravu alebo vymazanie svojich osobných údajov. Každý môže takisto predložiť vec na súd, aby dosiahol prístup, opravu alebo výmaz, alebo aby získal informácie či odškodnenie v súvislosti so záznamom, ktorý sa ho týka. Vnútroštátne orgány dozoru a európsky dozorný úradník pre ochranu údajov budú aktívne spolupracovať a zaisťovať koordinovaný dohľad nad SIS II.

Súvislosti
SIS II je moderný IT systém, ktorý sa skladá z troch zložiek: centrálneho systému, vnútroštátnych systémov štátov schengenského priestoru a komunikačnej infraštruktúry medzi centrálnym systémom a vnútroštátnymi systémami.

Ku koncu februára 2013 predstavovali celkové rozpočtové záväzky Komisie vynaložené na projekt SIS II od roku 2002 sumu 167 784 606 EUR.
Prenos údajov zo systému SIS I+ do SIS II sa ukončí po intenzívnom monitorovacom období (trvajúcom 1 mesiac), počas ktorého budú obidva systémy SIS I+ aj SIS II naďalej fungovať súbežne a zostanú synchronizované.

Od 9. mája 2013 prevezme zodpovednosť za každodennú prevádzku centrálneho systému agentúra IT (eu-LISA).